Arrêt maladie auto-entrepreneur : combien on touche vraiment (et ce qui manque)

Vous facturez 3 000 € par mois, un médecin vous arrête trois semaines, et vous vous demandez ce qui tombera sur votre compte. La réponse est moins rassurante qu’on ne le croit : les indemnités journalières d’un auto-entrepreneur existent, mais elles se calculent sur un revenu réduit par un abattement, elles ne démarrent qu’au quatrième jour et elles plafonnent bas.

Voici ce que verse la Sécurité sociale en 2026, deux exemples chiffrés, les règles qui viennent de changer, puis ce qu’il faut ajouter si vous ne pouvez pas vous permettre de perdre une grande partie de votre chiffre d’affaires pendant un arrêt.

Arrêt maladie auto-entrepreneur : avez-vous droit aux indemnités journalières ?

Oui, à condition de remplir deux critères. Les indemnités sont versées par l’Assurance maladie (la CPAM) : l’Urssaf n’intervient pas, et l’ancien régime des indépendants n’existe plus. Les micro-entrepreneurs y ont accès comme les artisans et les commerçants, de même que les professions libérales non réglementées.

Le premier critère tient à l’ancienneté : il faut justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus dans l’activité à la date où le médecin constate l’incapacité. Un auto-entrepreneur qui s’est lancé il y a huit mois et tombe malade n’a donc droit à rien, quel que soit son chiffre d’affaires.

Le second tient au revenu. Si votre revenu d’activité annuel moyen, calculé sur les trois années civiles précédentes, est inférieur à 10 % de la moyenne des plafonds annuels de la Sécurité sociale, l’indemnité est nulle. Pour un arrêt qui commence en 2026, ce seuil vaut 4 582 €. Comme le revenu retenu pour un micro-entrepreneur est le chiffre d’affaires diminué d’un abattement forfaitaire, le seuil se traduit ainsi en chiffre d’affaires annuel moyen :

Deux autres situations méritent d’être connues. Si vous touchez déjà une pension d’invalidité du régime des indépendants, vous ne percevez plus d’indemnités journalières maladie. Et si vos cotisations ne sont pas à jour, le revenu retenu est réduit au prorata de ce que vous avez réellement versé, sauf si un délai de paiement vous a été accordé et que vous le respectez.

Comment sont calculées les indemnités journalières d’un auto-entrepreneur ?

La formule est la même pour tous les indépendants affiliés à la CPAM : l’indemnité journalière vaut un sept cent trentième (1/730e) du revenu d’activité annuel moyen des trois dernières années civiles. Diviser par 730 revient à verser la moitié du revenu journalier moyen, avant prélèvements.

Le point à ne pas oublier dans un simulateur : le revenu retenu est le chiffre d’affaires moins l’abattement forfaitaire de votre catégorie, soit 71 % pour la vente, 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales et 34 % pour les activités libérales non réglementées. Aucune charge réelle n’est déduite, ce qui explique que la même facturation ouvre des droits différents selon la nature de l’activité.

Le revenu pris en compte est plafonné à un plafond annuel de la Sécurité sociale, soit 48 060 € en 2026. L’indemnité journalière maximale atteint donc 65,84 € bruts par jour, soit environ 1 975 € bruts pour un mois de 30 jours. À l’autre bout de l’échelle, il n’existe pas de minimum légal : en dessous de 4 582 € de revenu moyen, vous ne touchez rien, et juste au-dessus du seuil l’indemnité tombe à 6,28 € par jour.

Pour simuler vous-même votre arrêt, la méthode tient en trois étapes. Calculez d’abord votre chiffre d’affaires annuel moyen sur les trois dernières années civiles. Retirez ensuite l’abattement qui correspond à votre activité. Divisez enfin le résultat par 730 : vous obtenez l’indemnité brute d’une journée, à multiplier par le nombre de jours indemnisés, c’est-à-dire la durée de l’arrêt moins les trois jours de carence.

Auto entrepreneur : simulez le montant de vos IJ

Les indemnités sont imposables à l’impôt sur le revenu, sauf lorsque l’arrêt relève d’une affection de longue durée exonérante. Pour les premières années d’activité, le calcul s’appuie sur le revenu acquis jusqu’à la date de l’arrêt, rapporté au nombre de jours d’activité, ce qui évite de pénaliser un démarrage progressif.

Combien touche-t-on vraiment ? Deux exemples à 3 000 € de chiffre d’affaires par mois

Prenons deux micro-entrepreneurs qui facturent 3 000 € chaque mois depuis trois ans, soit 36 000 € de chiffre d’affaires annuel. Seule la nature de l’activité change.

Rapportées au chiffre d’affaires de 3 000 €, ces sommes représentent à peu près le quart pour le premier profil, le tiers pour le second. Votre perte réelle dépend de vos charges, que l’indemnité ne rembourse pas : le loyer du local, l’abonnement logiciel ou l’assurance professionnelle continuent de tomber chaque mois.

Même un indépendant très bien rémunéré reste limité par le plafond de 65,84 € par jour : plus votre activité est rentable, plus l’écart avec l’indemnité se creuse.

Délai de carence, durée de l’arrêt et nouveautés 2026

Le délai de carence est de 3 jours : l’indemnisation commence le quatrième jour d’arrêt, et les indemnités sont versées environ tous les 14 jours. La carence ne s’applique pas dans plusieurs cas : une prolongation après une reprise d’activité de 48 heures au plus, un arrêt dû à une affection de longue durée (la carence ne joue alors que pour le premier arrêt sur trois ans) et certaines situations comme la fausse couche. Ces trois jours restent entièrement à votre charge, et un contrat de prévoyance y ajoute ses propres délais d’attente avant de verser quoi que ce soit.

Plusieurs règles récentes sont à connaître :

• Un médecin ne peut plus prescrire un arrêt de plus de 31 jours pour une première prescription, ni de plus de 62 jours pour une prolongation, sauf dérogation motivée.
• Pour les affections de longue durée exonérantes, la durée maximale reste de 3 ans. Pour celles qui ne sont pas exonérantes, elle passe à 1 an depuis le 15 octobre 2026, indépendants compris.
• L’envoi de l’arrêt sur papier exige désormais un formulaire Cerfa sécurisé : depuis le 1er juillet 2025, une photocopie ou un scan n’est plus accepté.

Comment déclarer son arrêt maladie quand on est auto-entrepreneur ?

Vous avez 48 heures pour faire parvenir l’avis d’arrêt à votre CPAM, quelle que soit la durée de l’arrêt. Si votre médecin prescrit l’arrêt en ligne, la transmission se fait directement et vous n’avez rien à envoyer. Sur papier, il faut le formulaire Cerfa sécurisé, volets envoyés à la CPAM, sans photocopie.

Vous n’avez pas à fournir vous-même votre chiffre d’affaires pour le calcul : vos revenus sont transmis par l’Acoss à votre CPAM. Veillez en revanche à déclarer vos revenus à l’Urssaf aux échéances prévues, car ce sont ces déclarations qui alimentent le montant de vos indemnités.

Une démarche supplémentaire concerne ceux qui perçoivent ou peuvent percevoir l’allocation des travailleurs indépendants : il faut aussi prévenir France Travail dans le même délai. Les indemnités journalières ne se cumulent pas avec cette allocation, et les droits au chômage sont reportés d’autant.

Arrêt maladie profession libérale : un régime à part pendant 90 jours

Si vous exercez une profession libérale réglementée, par exemple architecte, psychologue, médecin ou infirmier, le régime est différent, même sous le statut de micro-entrepreneur. Depuis le 1er juillet 2021, la CPAM verse les indemnités pour les 90 premiers jours, avec la même carence de 3 jours et la même condition de 12 mois d’affiliation. Le revenu est cette fois plafonné à trois plafonds annuels, ce qui porte le maximum à 197,51 € bruts par jour en 2026, soit trois fois le plafond d’un artisan ou d’un commerçant.

Tout se complique après le 90e jour, car le relais dépend de votre caisse :

• À la CARMF (médecins), les indemnités reprennent à partir du 91e jour, de 65,84 € à 197,51 € par jour selon le revenu, pendant 36 mois au plus.
• À la CNBF (avocats), une indemnité de 90 € par jour est versée à partir du 91e jour d’arrêt total et continu, pendant 3 ans au maximum, à condition de cesser toute activité.
• À la CIPAV (architectes, psychologues, consultants et autres), il n’existe aucun relais en indemnités journalières après la période de 90 jours : la caisse verse seulement une pension d’invalidité quand la capacité de travail est réduite d’au moins deux tiers.

Si vous dépendez de l’une de ces caisses, ne comptez pas sur elle avant le 91e jour : c’est votre contrat de prévoyance qui doit couvrir les trois premiers mois (voir aussi la prévoyance pour les professions libérales et les chefs d’entreprise).

Ce qui manque à un indépendant en arrêt de travail

Un salarié bénéficie le plus souvent d’un complément versé par son employeur ou par la prévoyance collective de son entreprise. Rien de tel ne vient s’ajouter à ces indemnités pour un auto-entrepreneur : elles restent la seule ressource du régime obligatoire. Il manque :

• l’équivalent d’un maintien de salaire : l’indemnité ne couvre que la moitié du revenu retenu, et s’arrête au plafond ;
• une prise en charge de vos charges fixes : l’indemnité se calcule sur un revenu, vos dépenses n’entrent pas dans la formule ;
• les trois premiers jours, jamais indemnisés ;
• un relais au-delà de la durée maximale : l’invalidité, quand elle est reconnue, remplace les indemnités et se calcule sur un autre revenu de référence.

Pour les situations de difficulté financière, l’action sociale de la Sécurité sociale des indépendants existe, via l’Urssaf, avec une aide financière exceptionnelle et une aide au maintien dans l’activité. Elle s’obtient sur demande et après examen du dossier, sans droit acquis : c’est un filet, pas un revenu de remplacement.

Prévoyance auto-entrepreneur : comment compléter la Sécurité sociale ?

Un contrat de prévoyance individuel verse, le plus souvent, une indemnité journalière à partir d’une franchise que vous choisissez. Il comble l’écart entre l’indemnité de la Sécurité sociale et le revenu dont vous avez besoin pour vivre et payer vos charges. Plus la franchise est courte, plus le contrat coûte cher, et plus elle est longue, plus le trou à absorber grandit : le choix d’une franchise de 15, 30 ou 90 jours se règle donc d’abord sur la réserve de trésorerie dont vous disposez, ensuite sur le budget que vous consacrez à la cotisation.

Pour dimensionner le contrat, partez de votre besoin mensuel réel : vos charges professionnelles et personnelles incompressibles. Retirez l’indemnité de la Sécurité sociale, calculée avec la méthode exposée plus haut, par exemple 739,73 € pour un arrêt de 30 jours en prestations de services à 3 000 € de chiffre d’affaires mensuel. Le solde est ce que votre prévoyance doit verser. Visez ce solde et pas davantage : au-delà, vous payez une garantie dont vous ne vous servirez pas.

Trois points à vérifier avant de signer :

• le mode d’indemnisation : forfaitaire (une somme fixe choisie à l’avance) ou indemnitaire (qui compense la perte réelle, sans dépasser le revenu perdu) ;
• les exclusions classiques, comme le dos ou les troubles psychiques, à lire de près avant de signer ;
• la définition de l’invalidité retenue par l’assureur : le seuil qui déclenche l’indemnisation varie d’un contrat à l’autre, comme l’explique notre article sur le taux à partir duquel une invalidité est indemnisée.

Une précision sur la fiscalité : la déduction des cotisations facultatives dite Madelin vise les indépendants imposés au bénéfice réel. Sous le régime micro, l’abattement forfaitaire remplace les charges réelles, il ne faut donc pas compter sur un avantage fiscal sans l’avoir fait confirmer. À l’inverse, les indemnités versées par un contrat Madelin sont à déclarer dans l’assiette sociale.

Le plus simple est de confronter plusieurs offres sur la même base, avec votre revenu réel et la franchise qui vous convient, ou de faire analyser votre situation par un conseiller avant de vous engager.

Comparer les contrats pour indépendants